UNESCO heeft een reeks sites die verband houden met de bewogen geschiedenis van christenen in het 16e- tot 19e-eeuwse Japan aangewezen als het 18e werelderfgoed van het land. De "site" bestaat uit 10 dorpen in het noordwesten van Kyushu, evenals de ruïnes van het Hara-kasteel - oorspronkelijk gebouwd door de Portugezen - en de St. Mary's kathedraal van de Onbevlekte Ontvangenis in de stad Nagasaki.
Omdat de praktijk van het christendom in Japan tot 1873 verboden was, aanbaden christenen (bekend als Kakure Kirishitan) in het geheim - en zendelingen verspreidden het evangelie. Het zijn de "geheime" kerken van de sites in afgelegen "christelijke" dorpjes aan de zeekust en geïsoleerde eilanden die het belangrijkste onderdeel zijn van de erkenning door UNESCO. De ruïnes van het Hara-kasteel zijn een ander element, zoals het werd gebruikt door Portugese en Nederlandse missionarissen.
Een van de meest zichtbare voorbeelden van UNESCO's aanwijzing is Nagasaki's rooms-katholieke St. Mary's Cathedral - ook bekend als de kathedraal van de Onbevlekte Ontvangenis - gebouwd in 1914 nadat het verbod op het christendom was opgeheven. De oorspronkelijke kathedraal werd verwoest door de atoombom die in augustus 1945 op Nagasaki viel en een replica van het origineel werd ingewijd in 1959. Standbeelden en artefacten die tijdens het bombardement zijn beschadigd, waaronder een Franse Angelusklok, worden nu tentoongesteld op het terrein (en op de Kathedraal van de Onbevlekte Ontvangenis). Het nabijgelegen Peace Park bevat overblijfselen van de oorspronkelijke muren van de kathedraal. Oura-kerk is een andere katholieke kerk in Nagasaki. Gebouwd tegen het einde van de Edo-periode in 1864 door een Franse missionaris voor de groeiende gemeenschap van buitenlandse kooplieden in de stad, wordt het beschouwd als de oudste nog bestaande christelijke kerk in Japan en een van de grootste nationale schatten van het land.
Historisch gezien was Nagasaki lang de eerste toegangspoort voor buitenlanders naar Japan. Het was in Nagasaki in 1859, nadat de Amerikaanse Commodore Perry kanonneerbootdiplomatie had gebruikt om een einde te eisen aan het meer dan 200 jaar oude isolatiebeleid van Japan, dat diplomaten uit landen over de hele wereld kwamen eisen dat de haven werd opengesteld voor handel. Daarna riep keizer Meiji Nagasaki in 1859 uit tot een vrije haven. En het was Nagasaki dat de setting was voor de roman van John Luther Long uit 1898, Madame Butterfly, die in 1904 door Giacomo Puccini werd omgevormd tot een opera en nog steeds een van de wereld is. meest geliefde opera's.
