De Amerikaanse centra voor ziektebestrijding en -preventie, CDC, hebben een consortium opgericht om een nationaal netwerk van sequencinglaboratoria op te starten dat de vrijgave van SARS-CoV-2-sequentiegegevens naar het publieke domein zal versnellen. Snelle vrijgave van open coronavirussequentiegegevens zal hierbij helpen Covid-19 reactie op de volksgezondheid, innovatie en ontdekking stimuleren en het begrip van deze en toekomstige pandemieën bevorderen.

Deze SARS-CoV-2-sequencing voor noodhulp, epidemiologie en bewaking van de volksgezondheid (SPHERES) consortium, waardoor het gebruik van whole genome sequencing (WGS) van het COVID-19-virus. SPHERES zal consistente, realtime sequentiegegevens verstrekken aan de responsteams van de volksgezondheid die gevallen en clusters van COVID-19 in het hele land onderzoeken.

Dit nieuwe consortium zal hen helpen beter te begrijpen hoe het virus zich verspreidt, zowel nationaal als in hun lokale gemeenschappen. Betere gegevens zullen op hun beurt volksgezondheidsfunctionarissen helpen de transmissieketens te doorbreken, nieuwe ziektegevallen te voorkomen en levens te beschermen en te redden.

“De VS is de wereldleider op het gebied van geavanceerde snelle genoomsequencing. Deze gecoördineerde inspanning in onze openbare, particuliere, klinische en academische laboratoria voor de volksgezondheid zal een cruciale rol spelen bij het begrijpen van de overdracht, evolutie en behandeling van SARS-CoV-2. Ik ben ervan overtuigd dat onze beste, meest bekwame geesten samenwerken om ons te helpen levens te redden, vandaag en morgen, ”aldus CDC-directeur Robert Redfield, MD

Het COVID-19-virus volgen terwijl het evolueert

Genomische sequentiegegevens kunnen een ongekend inzicht geven in de biologie van SARS-CoV-2, het virus dat COVID-19 veroorzaakt, en het veranderende landschap van de pandemie helpen definiëren. Door virussen uit de hele Verenigde Staten te sequencen, kunnen CDC en andere volksgezondheidsautoriteiten belangrijke veranderingen in het virus volgen en deze informatie gebruiken als leidraad voor het opsporen van contacten, inspanningen om de volksgezondheid te beperken en strategieën voor infectiebeheersing.

Het SPHERES-consortium is een ambitieuze poging om SARS-CoV-2-genoomsequencing nationaal te coördineren, waarbij tientallen kleinere, individuele inspanningen worden georganiseerd in één enkel, gedistribueerd netwerk van laboratoria, instellingen en bedrijven. Het consortium combineert de expertise, technologie en middelen van 40 nationale en lokale volksgezondheidsafdelingen, verschillende grote klinische laboratoria en meer dan twee dozijn samenwerkende instellingen binnen de federale overheid, de academische wereld en de particuliere sector.

SPHERES zal best practices en consensusgegevensstandaarden vaststellen, het delen van open gegevens versnellen en een pool van middelen en expertise opzetten om de allernieuwste technologie in de nationale COVID-19-respons te brengen.

SPHERES-gegevens open, gedeeld

Consortiumleden delen een toewijding aan het snel delen van open sequenties. Ze zijn van plan om alle nuttige sequentiegegevens in openbare repositories in te dienen bij het National Center for Biotechnology Information (NLM / NCBI) van de National Library of Medicine, het Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID) en andere openbare sequentie-repositories. Dit zal ertoe bijdragen dat virale sequentiegegevens uit de hele Verenigde Staten snel beschikbaar zijn voor besluitvorming op het gebied van de volksgezondheid en vrij toegankelijk zijn voor onderzoekers overal ter wereld.

Consortiumleden zijn onder meer:

Federale agentschappen en laboratoria

Centra voor ziektebestrijding en -preventie, Bureau voor geavanceerde moleculaire detectie

Nationaal laboratorium van Argonne

Defensie Gezondheidsagentschap, Wereldwijd infectieus Ziekte Toezicht

Food and Drug Administration

Lawrence Berkeley National Laboratory

Los Alamos National Laboratory

Nationaal Instituut voor Allergie en Infectieziekten, Bureau voor Genomica en Geavanceerde Technologie

Nationaal instituut voor normen en technologie

National Library of Medicine's National Center for Biotechnology Information

Walter Reed Army Institute of Research

Staats- / lokale volksgezondheidslaboratoria

Arizona

Californië

Delaware

District of Columbia

Florida

Hawaii

Maine

Maryland

Massachusetts

Michigan

Minnesota

Noord Carolina

Noord-Dakota

Nevada

New Mexico

New York

Utah

Virginia

Washington

Wisconsin

Wyoming

Academische instituties

Baylor University

Cornell University

Fred Hutchinson Cancer Research Center

Mount Sinai School of Medicine

New York University

Northern Arizona University

Universiteit van Buffalo

University of California, Berkeley

University of California, Davis

University of California, Irvine

University of California, Los Angeles

University of California, San Francisco

University of California, Santa Cruz

University of Chicago

University of Maryland

University of Minnesota

Universiteit van Nebraska

Universiteit van New Mexico

Universiteit van Washington

Yale universiteit

Bedrijven

Abbott Diagnostiek

bioMérieux

Kleurgenomica

Gingko Biofabriek

IDdoorDNA

In-Q-Tel

LabCorp

Een Codex

Oxford Nanopore-technologieën

Pacifische biowetenschappen

Qiagen

Quest Diagnostics

Voorwaar Life Sciences

Namen van bedrijven worden alleen ter informatie verstrekt en hun opname hier houdt geen goedkeuring in van de bedrijven of hun commerciële producten of diensten door de Amerikaanse Centers for Disease Control and Prevention.

Openbare gezondheids- of onderzoeksinstellingen zonder winstoogmerk

Vereniging van Volksgezondheidslaboratoria

Bill en Melinda Gates Foundation

Breed instituut

Chan Zuckerberg BioHub

Craig Venter Instituut

Volksgezondheidsalliantie voor genomische epidemiologie

Scripps-onderzoek

Het Jackson Laboratorium

Translationeel Genomics Research Institute - Noord

Walder Stichting

De afgelopen zes jaar heeft het Office of Advanced Molecular Detection-programma van CDC geïnvesteerd in federale en nationale volksgezondheidslaboratoria om het gebruik van genomica van pathogenen en andere geavanceerde laboratoriumtechnologieën voor het toezicht op infectieziekten en de respons op uitbraken uit te breiden. De huidige investering van het consortium heeft tot doel levens te redden in de SARS-CoV-2-pandemie en de Verenigde Staten en de wereld voor te bereiden op toekomstige pandemische reacties.

Voor meer informatie over genomische sequentiebepaling of het werk van CDC op het gebied van geavanceerde moleculaire detectie, gaat u naar https://www.cdc.gov/amd/